A Petrobonus é citada em dossiê que trata de desvio de royalties, tema de investigação da PF . Entre os consultores da empresa, há ex-funcionários da Agência Nacional de Petróleo – como Newton Simão, que foi assessor do diretor Victor Martins. O diretor, também citado no dossiê, é irmão do ministro da Secretaria de Comunicação, Franklin Martins.
Segundo o TCE, os processos são distribuídos por sorteio. Apesar de o tribunal ter sete conselheiros, Nader analisou todos os contratos da Petrobonus em Pinheiral, Rio Claro e Areal. Já Graciosa ficou com os de Resende, Miguel Pereira e Rio das Flores. A assessoria de Graciosa explicou que processos de assuntos correlatos podem ser apensados – o que explicaria o fato de ele analisar vários contratos de um município. O conselheiro não foi localizado para comentar seus votos. Nader também não foi encontrado. Em consulta ao site do TCE, não fica claro se os pedidos de dispensa de licitação, feitos pelas prefeituras, foram ou não aceitos.